在上一步，我们建立了index，可以在运行index命令的目录（我是在dnaseq\chrX_data\third\index，这个dnaseq目录是win10和linux的共享文件夹，关于该共享文件夹可能有些人可能还会有点弯路要走，我一开始是在linux下面找不到这个共享文件夹，这个后面如果有时间我会专门写一篇）下找到相应的文件如下图（里面包括了chrX.exon和chrX.ss这两个从gtf文件中提取的，以及剩下的就是index文件，有1-8，但是在比对时用chrX_tran代表）：
标签： chrx
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生物信息学笔记4：hisat2的下载安装及环境配置
一、需要分析的序列，比如在samples文件夹里：
ERR188044_chrX_1.fastq.gz
ERR188044_chrX_2.fastq.gz
ERR188104_chrX_1.fastq.gz
ERR188104_chrX_2.fastq.gz
......
我就不一一列出来，这里列出来主要就是想说同一个序列有1和2，就是双端测序的意思