生物信息学笔记4:hisat2的下载安装及环境配置

一、需要分析的序列,比如在samples文件夹里:

ERR188044_chrX_1.fastq.gz

ERR188044_chrX_2.fastq.gz

ERR188104_chrX_1.fastq.gz

ERR188104_chrX_2.fastq.gz

......

我就不一一列出来,这里列出来主要就是想说同一个序列有1和2,就是双端测序的意思

 

二、ubuntu18.04下面hisat2的下载和安装,这个差点忘记写。

先找个目录,比如建立个biosoft的目录,专门用于放生物信息相关软件。

1、命令行先建立后进入该目录:

mkdir ~/biosoft

cd ~/biosoft

2、进入目录后下载hisat2软件:

wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip

3、解压缩下载的zip压缩包(解压后获得hisat2-2.1.0的文件夹):

unzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip

4、改文件目录名(我没有改名字,这步骤可以忽略,也可以把文件夹名字改短点):

mv hisat2-2.1.0 hisat2

5、加环境变量:

很多地方用vi后者vim命令,我用不习惯,我觉得用nano比较方便:

nano ~/.bashrc

然后出现了如下界面,移动光标到末尾,加入“PATH=$PATH:~/biosoft/hisat2-2.1.0:........”:

输入后,保存按ctrl+o,回车,然后ctrl+x退出。

请不要直接用export命令,该命令只能在当前登录窗口有效,断开连接后再次用同一个用户登录,也会重置环境。

保存好后,还需要让环境生效:

source ~/.bashrc

6、环境配置好后可以在任意文件目录输入:hisat2,然后出现如下信息说明配置成功:

 

 

本来想把hisat2的下载安装使用全放在一起,后来转念一想,分开的话以后搜索起来会更方便点。