一、需要分析的序列，比如在samples文件夹里：
ERR188044_chrX_1.fastq.gz
ERR188044_chrX_2.fastq.gz
ERR188104_chrX_1.fastq.gz
ERR188104_chrX_2.fastq.gz
......
我就不一一列出来，这里列出来主要就是想说同一个序列有1和2，就是双端测序的意思
二、ubuntu18.04下面hisat2的下载和安装，这个差点忘记写。
先找个目录，比如建立个biosoft的目录，专门用于放生物信息相关软件。
1、命令行先建立后进入该目录：
mkdir ~/biosoft
cd ~/biosoft
2、进入目录后下载hisat2软件：
wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
3、解压缩下载的zip压缩包（解压后获得hisat2-2.1.0的文件夹）：
unzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
4、改文件目录名（我没有改名字，这步骤可以忽略，也可以把文件夹名字改短点）：
mv hisat2-2.1.0 hisat2
5、加环境变量：
很多地方用vi后者vim命令，我用不习惯，我觉得用nano比较方便：
nano ~/.bashrc
然后出现了如下界面，移动光标到末尾，加入“PATH=$PATH:~/biosoft/hisat2-2.1.0:........”：
输入后，保存按ctrl+o，回车，然后ctrl+x退出。
请不要直接用export命令，该命令只能在当前登录窗口有效，断开连接后再次用同一个用户登录，也会重置环境。
保存好后，还需要让环境生效：
source ~/.bashrc
6、环境配置好后可以在任意文件目录输入：hisat2，然后出现如下信息说明配置成功：
本来想把hisat2的下载安装使用全放在一起，后来转念一想，分开的话以后搜索起来会更方便点。