在上一步，我们建立了index，可以在运行index命令的目录（我是在dnaseq\chrX_data\third\index，这个dnaseq目录是win10和linux的共享文件夹，关于该共享文件夹可能有些人可能还会有点弯路要走，我一开始是在linux下面找不到这个共享文件夹，这个后面如果有时间我会专门写一篇）下找到相应的文件如下图（里面包括了chrX.exon和chrX.ss这两个从gtf文件中提取的，以及剩下的就是index文件，有1-8，但是在比对时用chrX_tran代表）：
在上一步，我们建立了index，可以在运行index命令的目录（我是在dnaseq\chrX_data\third\index，这个dnaseq目录是win10和linux的共享文件夹，关于该共享文件夹可能有些人可能还会有点弯路要走，我一开始是在linux下面找不到这个共享文件夹，这个后面如果有时间我会专门写一篇）下找到相应的文件如下图（里面包括了chrX.exon和chrX.ss这两个从gtf文件中提取的，以及剩下的就是index文件，有1-8，但是在比对时用chrX_tran代表）：