生物信息学笔记3：练手序列的准备

本文参考了简书：RNA-seq数据分析---方法学文章的实战练习 我的启蒙文章，现在的生物信息学和以前的比真的是牛逼太多了，以前搞个blast、phylip等就好像差不多了，而实际上那些都算是比较简单的基本操作了。真正要搞懂的不单是碱基的差异，还有表达基因的差异、蛋白功能的差异...... 简书中此文已经罗列了为什么用hisat2和stringtile，本文不赘述，反正就是这两个软件的算法可以用最少的时间和最低的资源占用，获得更好更优质的比对结果。 一、练手序列。最好入手的应该还是人类X染色体的序列文件的比对分析，因为X染色有男女的差异、人种的差异，找12个样本（人种各6个，不同人种中男女各3个），算是有一定的生物学重复吧。 序列下载可以有多个途径（建议在win10下用迅雷下载，不然你会疯的，当然和不同网络有关系）： 1、linux命令行，很牛逼的样子，可是如果网络不在一个频道，这逼装的再牛也没用，下载速度比蜗牛还不如啊，重新连接次数多了还会自动停止。 命令行如下（这是约翰霍普金斯大学服务器上的数据，练手用的序列）： nohup wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/RNAseq_protocol/chrX_data.tar.gz 2>download.log & tar zxvf chrX_data.tar.gz 2、迅雷下载，这个不用细说了吧，如果这个不会，建议还是不要学生物信息了。 二、练手序列找好，还要找个参考基因序列和对应参考注释。这个最好自己去下载Ensembl版本，不要用hisat2官方提供的，因为后面涉及到的go分析等等都会用到基因名或编号，这个都需要与网络数据库配套，如果下载一个序列的编号方式不符合这些数据库的标准，那分析很难进行下去，有些编号是转换不了的。Ensembl版本全基因组的注释文件下载 三、目的就是把练手序列map到参考序列上（这个是公认的当前最完整和准确的序列，并不断完善中），参考注释是对应于参考序列的、用来标注出相应序列对应的基因的文件。通过把练手序列map到参考序列，分析出这些练手序列里基因被检测到的次数（因为练手序列通过高通量测序后的结果，这是一个碎片化的随机检测过程，而测序的样本是dna转录成mrna后，反转录的cdna，也就是相当于一个表达文库，那么比然会有基因序列的表达量的差异，这个是我的理解过程，可能会有失偏颇或者谬以千里，欢迎批评指正，共同进步），然后通过分析基因表达的次数（这个可能需要一定的统计学纠正等等），统计出一个接近于真实情况的基因表达情况，进而分析基因表达的差异，同时分析基因和蛋白功能，意图寻找不同细胞的差异所在（比如癌细胞和正常细胞）。 四、另外一个目的就是寻找未知isoforms，就是为了寻找不同基因用的，也就是当以上差异并不能很有效的说明问题关键或者需要更多的解释的时候，可以考虑寻找未知isoforms，很容易做无用功，但是一旦找到未知的关键isoforms，很容易产生重大突破。

转载：你的教养，就是孩子未来的模样

昨天刚刚重温了无问西东，今天又看到了这篇文章，优秀的教养，其实就是一种优秀完善的价值观的培养，是一种发自于内心的、根植于内心的修养，每个人的教养体现会不同，但有一点肯定是相通的：善。善是一种尊重、体谅、同情、帮助、谦让，当善是不是造作的、虚假的、而是真正由心而发，就成为了一种修养。不能说每个人的教养都很好，因为每个人的经历都不同，造成了各种性格的人，也许做好了某一方面却忽略了另一方面，这个世界不缺完美的人，但更多的是不完美的人，无论是哪种人，请至少要让孩子感受到善，有了这个根本，才能求真变美。 下面转载原文，来自：http://www.sohu.com/a/240960740_203066 『什么是最好的教育』 最近被一则新闻暖到了。 孩子在地铁上依偎在年轻妈妈的孩子怀中睡着了。年轻的妈妈为了不让孩子的脚踢到了身旁的乘客，用手捂在了他的小鞋上。 直到到站下车，她才把手松开。 如果有人问：「什么是最好的教育？」 那么我一定会回答，像这位母亲那样，身体力行地把善良、尊重教给孩子才是最好的教育。 因为我相信，人一生中最大的「财富」源自于他的教养，而教养最直接的体现在于能够处处为他人考虑，无时不刻把尊重和体谅放在心中。 01 教养不分年龄，这些孩子的行为令人感动 6月27号的青岛，10岁的小学生刘显昊像往常一样搭公交车上学。公交车上人很多，但是却有一个座位始终没人入座，等到他走进后才发现原来那一张椅子上有积水。 刘显昊没有像周围的大人那样，宁愿站在一旁，对此置之不理，他从书包掏出纸巾，细心地把积水擦干，然后默默地退到一边，跟旁边的乘客说「可以坐了」。 对于刘显昊来说，这不过是一件举手之劳的小事，但正是因为举手之劳而劳之，才更显得他家教佳，有教养。 同样的事情，也发生在天津的地铁上。 一个小时候没教养，长大后成了「熊大人」的男子，不顾车厢里其他人的感受，肆意剥起了味道很大的大蒜，还把蒜皮撒了一地。 旁边的乘客虽然不满，但碍于情面，要么白眼捂鼻，要么转身离开。 只有一位穿校服的女学生，走上前去，默默地弯腰把一地蒜皮捡起拾到手里，把垃圾带出车厢。 一个人的教养源自于她的公德心。没有人有义务要捡起地上的垃圾，但是你做了，城市就会变得更加干净。 5岁的男孩，手里还提着笨重的购物袋，但是当他看到身后的阿姨和小妹妹不方便推开门进来的时候，他急忙转身，用小小的身躯挡住了即将要合上的玻璃门，给阿姨和小妹妹让路。 你帮忙推开的这扇门，同时也打开了你的心门。 在一场演唱会结束后，遗落了遍地荧光棒，那是由大人随手丢下的素质，是他们遗忘的教养。如今，被一个小女孩一根一根全部重新捡了起来。 教养不需要花费多大力气，离场的时候把垃圾带走便足矣。 从这些孩子身上看到闪闪发光的品质背后，我看到他们背后的是一个个有修养、懂得教育本质的家庭。 正如歌德说的：正确的教育在于使外表上的彬彬有礼和人的高尚的教养同时表现出来。 02 为了孩子好，请你务必善良 戴尔·卡耐基在《人性的弱点》里写道：「只为自己着想的人是无可救药的，也是不会受到教育的，他们是没有教养的人，无论他受过什么样的教育。」 卡耐基的观点也恰巧印证了中国的一句俗语：穷养，富养，不如教养。 一位宁波的妈妈独自带领一岁半的孩子乘机出游，她担心孩子年纪小，熬不住长途旅行，哭闹会影响到飞机上的其他乘客。于是准备了一份小礼物，还附上了一张卡片。礼物里贴心地备上小糖果和耳塞。 有如此修养的母亲，孩子也必然有教养。 整个旅途当中，女孩乖乖地坐在座位上，不哭也不闹，安安静静地吃零食和看童话书。 相比于那些在公共场合大吵大闹的小孩，这个小女孩从小就从妈妈身上学会了推己及人。 北京的一趟地铁上，一个孩子因为身体不适在车厢内呕吐。孩子的父亲并没有因此责怪他，而是立马起身，向周围的乘客道歉，然后蹲下身，拿纸巾把地上呕吐物清理干净。 「子不教，父之过」。这个擦拭地板的动作，不仅教会了儿子遇事不慌张，更让他懂得了什么是尊重。 无独有偶，高峰期拥挤的地铁上，小男孩可能是站累了，央求姥姥要有座位坐。 慈祥的姥姥蹲下来，贴在外孙的耳旁说：「这些叔叔阿姨，上了一天班，很累了。你现在都5岁了，可以自己站好，就不需要让座了。」 很多时候，我们总把自己的需求摆在了第一位。在自己困难的时候，仍想着帮助他人的又有多少呢？ 同样是来自姥姥的教育发生在一个路口。 面对停下来让行的车辆，姥姥要求女孩给停车的司机致谢。 于是小女孩转过身，朝着司机鞠了一躬，说了声谢谢，才扬着手蹦蹦跳跳地离开。 「授人玫瑰，手有余香」。 教养是父母能给孩子最好的教育。 03 有教养的人，终究会有所回报 在这三种情景下最能体现一个人的教养： 1.在无人关注的时候，是否会坚持自己； 2.在所有人都做一件“没教养”的事情的时候，会不会从众； 3.当不得不做某事时，会不会考虑对公众的影响降到最低。 有教养的孩子，即便在没有人看到的时候，也会摔倒共享单车的扶正。 试问，我们成年人又有多少人能做到呢？ 有教养的孩子会在往垃圾桶里丢垃圾的时候，多留一张纸条，提醒辛苦的环卫工人不要因此划伤了手。 有教养的孩子会在妈妈极度疲惫的时候，把小手垫在妈妈的额前，守护她短暂的安睡。 能体现一个尊贵的地方，不在于他拥有多少套房子，有多么高的社会地位，而是他能对这个社会有多少体谅。 董卿跪地采访96岁的老人许渊冲，并不让她变得低贱，反倒她人格的强大，使人瞩目。 善良是一种选择，希望我们父母能把这种最美的选择带给孩子。 让他们成为一个因教养而美丽的人。 最后，愿每一美丽善良的人儿都能被温柔以待。

生物信息学笔记2：主机及环境配置

主机配置：e3-1230v2+24g内存。原来用的是e3-1230v2+8g内存的主机，以为这样自己学习捣鼓捣鼓够了，可是跑起来明显内存不够，于是加内存到24g，这样小一点的序列，比如X染色体这种的是能跑起来了 系统配置：主机win10+VMware（Ubuntu 18.04 live sever amd64），用惯了win10，你让主机我装个linux太浪费了，然后分配10g内存给ubuntu系统，设置主机和虚拟机的共享文件夹，比如e:\Vhost\dnaseq，这里尽量别用大写，因为linux系统是区分大小写的，命令行输入比较麻烦。共享文件夹的建立是为了方便在win10界面下操作linux下生成的文件，这样比命令行输入效率更高。

用wp-Chinese-Optimize禁止自动保存

用了一段时间，发现wpjam的禁止文章修订功能还不够好用，确实没修订版了，但还是会自动保存草稿，刚才发了篇文章用了4个id，还没发成功，最后还要删除数据库中多余记录。 所以又用回wp-Chinese-Optimize插件，在数据库中实时观察，该插件使用后新建文章会产生一个自动草稿，发表文章后草稿就变成正式文章，不会增加id，本来以为可以少用一个插件，这样看来还是省不掉啊....... 该插件还需要测试一段时间，但是wpjam插件在这方面确实有欠缺、不稳定、有时有用有时没用。 最后测试，该插件和wpjam一样的，每次只要新建章然后又返回不写了，都会产生一个自动草稿占用一个id，我一直以为是wpjam不稳定，原来这个插件也一样..... 好吧，可以禁用这个插件了，少用一个也好

关于mip改造pro插件的激活破解思路

今天发现百度搜索来源竟然是搜索“i3geek mip 破解版”的，不知道作者是该高兴还是该伤心。 不过这至少说明了这个mip改造专业版是受欢迎的，然后就是不想花钱又想用收费软件的人很多，还是太穷。其实现在这个定价对我来说是可以接受，可以花少量的钱获得不错的体验，使用、更新升级都图个方便省事，少折腾，对一定要少折腾，把有限的时机花到更有意义的事情上去。 好了废话不多说，直接进入正题，不过只谈思路，我还是很支持作者的，希望他能够长久稳定的把插件继续优化完善下去。 该插件的激活是要连到i3geek网去激活的，其实只有把这个连接获取变量然后判断是否通过的过程搞清楚就很快了。主要看i3geek_mip_admin.php和i3geek_mip_function.php两个文件里的代码第1行-21行和第55行-69行（这个是要专业版的源码里面改的哦）。为了支持原创，我就不把代码贴出来了，真正懂得自己随便看一下就会，作者的代码都没加密，但是真的会破解了其实也真的不会去干这个事了，除非作者收790元，这么贵那我干脆不用了，因为即使破解了，以后升级这些也很麻烦，太折腾的事情就是浪费时间，浪费时间就是浪费金钱和生命啊！

本站优化4：程序及插件的选择（不定期更新页面）

本站使用了wordpress，经过一段时间测试，保留了一些比较好的插件，列表如下（按照首字母排序）：   这个插件和mip改造插件就是为提高网页响应速度，提升用户体验的 BaiduXZH Submit(百度熊掌号) 百度熊掌号wordpress插件，自动推送最新文章或历史文章至百度，以及原创保护文章推送，并支持页面改造SEO优化。 这个可以直接复制图片进编辑器，免去上传步骤，不同于远程下载图片 Clipboard Images Support paste images from clipboard for posts & comments (based on filereader.js) 禁用谷歌字体加速 Disable Google Fonts Disable enqueuing of Open Sans and other fonts used by WordPress from Google. 检测插件是否有问题 Health Check & Troubleshooting Checks the health of your WordPress install. 用过好多lightbox，真正在缓存页面条件下能用的就只有这个，专门针对原生自带主题 Meow Lightbox Lightbox designed by and for photographers. 评论表单验证码 Mimi Captcha 在WordPress登陆、评论表单中加入验证码功能，支持字母、数字、中文和算术验证码。 页面改造加速，如果百度能够收录，那基本是秒开，因为百度会缓存页面（比一般cdn还好用） MIP改造 PRO MIP for WP - Add Mobile Instant Pages support to your WordPress site. Wordpress站点的百度MIP格式改造 这个功能强大，各种缓存设置，加速，以后细说。 W3 Total Cache The highest rated and most complete WordPress performance plugin. Dramatically improve the speed and user experience of your site. Add browser, page, object and database caching as well as minify and content delivery network (CDN) to WordPress. 中文题目转拼音题目 Wenprise Pinyin Slug 自动转换 WordPress 中的中文文章别名、分类项目别名、图片文件名称为汉语拼音。 防攻击的 Wordfence Security Wordfence Security - Anti-virus, Firewall and Malware Scan 自动生成关键字 WP AutoTags Often publish articles and updates people loves forgets to set tags when editing an article, the article automatically add keywords tag. tag extraction based on TF-IDF implementation. Built-in TF-IDF interface does not work when you try to find an existing tag in WordPress. If found, these markers are added to the post automatically each time you save the post. 这个是管理opcache的，启用opcache是在w3 total这插件里的 WP OPcache This plugin allows to manage Zend OPcache inside your WordPress admin dashboard. 主要是wpjam虽然禁用生成草稿，但有时候还是会生成，所以就用这个去清理数据库，包括优化，能有明显提升 WP-Optimize WP-Optimize is WordPress's #1 most installed optimization plugin. With it, you can clean up your database easily and safely, without manual queries. 文章阅读计数，看需要按照，只有这个能在静态页显示正常，不需要太多设置 WP-PostViews Plus 开启本插件后可以，可以为您分别显示每篇文章来自读者和搜索引擎蜘蛛的访问量 有些插件卸载后仍有数据库残留，药用本插件删除 WPDBSpringClean A WordPress Plugin which deletes unused plugin tables from the database and also allows you to optimize existing DB tables 功能强大，具体到wpjam主页去看，但我实际用到的不多，特别是插件推荐的七牛镜像，我考虑一下还是没用，选择了百度 WPJAM BASIC WPJAM 常用的函数和 Hook，屏蔽所有 WordPress 所有不常用的功能。 这个对懒人有用，自动生成摘要描述，定义首页描述（不固定的话首页描述就取第一篇文章摘要，这样首页的描述会不断变，影响seo），sitemap我用wpjam生成的 多合一SEO包 升级到Pro专业版  Out-of-the-box SEO for your WordPress blog. Features like XML Sitemaps, SEO for custom post types, SEO for blogs or business sites, SEO for ecommerce sites, and much more. More than 50 million downloads since 2007. 主要有些内容需要挡一挡，以免不必要麻烦，刚好原来有个没用起来的订阅号，就拿来用了，对于生成静态页来说可能会有点问题（因为用了内存缓存，这样如果登陆状态访问该页面就没遮挡，生成的页面也没遮挡效果） 微信公众号涨粉 本插件可以隐藏文章中的任意部分内容，当访客关注您的微信公众后，可获取验证码查看隐藏内容 这个插件，描述写了一大堆，其实也就是个百度分享功能，可以不装，自己修改post文件 百度分享按钮 百度分享是一个提供网页地址收藏、分享及发送的WEB2.0按钮工具，借助百度分享按钮，网站的浏览者可以方便的分享内容到人人网、开心网、QQ空间、新浪微博等一系列SNS站点。 网站主可以在百度分享网站中获得分享按钮JS代码，嵌入到自己的网站，让网站链接分享到互联网各个角落！通过百度分享按钮，您的网站的浏览者可以便捷得分享您网站上的内容到人人网、开心网、qq空间、新浪微博等SNS站点进行传播，为您的网站带回更多的流量。通过百度分享按钮，您网站上的网页将更容易被百度搜索引擎所发现，从而有机会从百度搜索带回更多的流量。通过百度分享按钮，后续您还可以免费获取详尽的分享统计分析，了解网民将您网站上哪些内容分享到哪些SNS网站，每日的分享次数是多少，帮您更好得的跟踪、分析、激励用户的分享行为，为网站带来更多的流量。（该功能即将开放，敬请期待）赶紧免费获取百度分享按钮，获取更多的流量，您还等什么呢？

关于mip改造插件中百度统计的修改

i3geek的mip改造插件虽然好用，可是这家伙也比较懒，连baidu统计代码都用了他自己的，就在插件目录下面的template里面，有个footer.php，第11行，有个“<mip-stats-baidu token="”，这个token在wp后台是不能修改成自己的统计代码的，需要直接修改php文件，把这个token替换成自己的。 token获取方式： 先登录百度统计后台，获取代码，代码格式如下： <script> var _hmt = _hmt || []; (function() { var hm = document.createElement("script"); hm.src = "https://hm.baidu.com/hm.js?9e06ae47ac21d73a2c8b7d1a97a42f5c"; var s = document.getElementsByTagName("script")[0]; s.parentNode.insertBefore(hm, s); })(); </script> 上面“hm.src = "https://hm.baidu.com/hm.js?9e06ae47ac21d73a2c8b7d1a97a42f5c";”里面那串“9e06ae47ac21d73a2c8b7d1a97a42f5c”就是你的token值（这个只是例子，请用你自己的，这个例子我也是网上来的）