生物信息学笔记7：对sam文件重新排序

通过hisat2比对得到sam文件，如果重复多次用同一个命令比对同一条序列，每次得到的sam文件其实是大小一样但内容顺序不同的文件，所以我们需要用软件进行重新排序。

在sam文件所在目录建立bam1.sh文件：

touch bam1.sh

nano bam1.sh

在文本编辑器中输入：

for i in *.sam;
do
i=${i%_align.sam*};
nohup samtools sort -@ 1 -o ../bam-dta/${i}.bam ${i}_align.sam 2>/mnt/hgfs/dnaseq/chrX_data/third/bam-dta/${i}bam.log &
done

保存后，运行该sh文件：

sh bam1.sh

运行完毕后在bam-dta目录下生成排序好的bam文件，如下图：